Usaha awal pembentukan Madrasah Aliyah Negeri Bengkalis bermulai pada tahun 1992 yang diprakarsai oleh Bapak Drs. H. Asy’ari Nur SH bersama dengan masyarakat Bengkalis di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Al Kautsar. 

Pada awalnya Madrasah ini berstatus swasta dengan nama MAS Al Kautsar, yang memiliki 32 siswa dan 10 orang tenaga pengajar. Setelah berjalan selama lima tahun tepatnya tahun 1997, MAS Al Kautsar dinegerikan  dengan Nomor SK. 12 Tahun 1997 dan diganti dengan nama Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Bengkalis

Pada Awal Penegerian Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Bengkalis belum memiliki tanah dan gedung sendiri sehingga proses belajar mengajar dilaksanakan di gedung milik SMTPP ( sekolah menengah Teknologi Pertanian Perikanan) yang terletak di Jl. Pembangunan I Bengkalis.

Pada tahun 2000 Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Bengkalis diberikan izin oleh pemda Bengkalis untuk menggunakan sebidang tanah untuk kegiatan pendidikannya dengan status tanah hak pakai. Pada tahun ini juga Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Bengkalis mendirikan bangunan madrasah pertama yang terdiri dari 1 ruang kantor dan 1 ruang kelas.
Pada Tahun 2017 Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Bengkalis Berubah nama menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) I Bengkalis hingga saat ini berdasarkan KMA Nomor 665 Tahun 2016 Tanggal Terbit 17 November 2016 Tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri Di Provinsi Riau